La primera es la de la conspiración del gobierno. Esta teoría sugiere que agencias gubernamentales de los Estados Unidos, como la CIA o el FBI, podrían haber estado involucradas en el asesinato de Kennedy. Los defensores de esta hipótesis argumentan que Kennedy estaba en desacuerdo con ciertos sectores de estas agencias, ya sea por su enfoque en la Guerra Fría, sus políticas internacionales o su posición respecto a los derechos civiles. Se especula que algunos elementos dentro del gobierno podrían haber visto a Kennedy como una amenaza y decidieron eliminarlo.
En la teoría de la conspiración de una mafia que estaba enfadada con Kennedy debido a sus políticas agresivas contra el crimen organizado. Algunos sostienen que la mafia, sintiéndose amenazada por las acciones del presidente, pudo haber ordenado su asesinato como represalia. Los defensores de esta teoría señalan conexiones entre Jack Ruby, el hombre que mató a Lee Harvey Oswald, y la mafia como una posible evidencia de esta conexión.
Existe otra en la que se argumenta que la Unión Soviética, específicamente la KGB, podría haber estado involucrada en el asesinato de Kennedy. La Crisis de los Misiles Cubanos había tensado las relaciones entre Estados Unidos y la Unión Soviética, y algunos especulan que la KGB podría haber visto a Kennedy como una amenaza y haber decidido eliminarlo para debilitar la posición estadounidense en la Guerra Fría.
Otra muy extendida es la teoría de la conspiración de la conexión cubana, en la algunos sostienen que grupos anticastristas, posiblemente con apoyo de la CIA, estuvieron detrás del asesinato de Kennedy. La idea es que Kennedy no fue lo suficientemente duro contra el régimen de Fidel Castro en Cuba, y esto llevó a la toma de medidas drásticas por parte de elementos descontentos con su política exterior. Se argumenta que la eliminación de Kennedy podría haber sido vista como una forma de cambiar la política hacia Cuba.
Tampoco podemos olvidar la teoría de la conspiración de los militares industriales, en la que se sugiere que grupos vinculados a la industria militar estadounidense podrían haber estado involucrados en el asesinato. Kennedy había expresado su intención de reducir la escalada armamentística y disminuir la presencia militar de Estados Unidos en el extranjero, lo que algunos sectores podrían haber interpretado como una amenaza para sus intereses económicos. Según esta hipótesis, estos grupos podrían haber orquestado el asesinato para mantener y expandir sus beneficios económicos asociados con la maquinaria militar.
No obstante, es importante tener en cuenta que la gran mayoría de los historiadores y expertos concluyen que Lee Harvey Oswald actuó solo en el asesinato de Kennedy, según la investigación oficial de la Comisión Warren. Sin embargo, las teorías de conspiración persisten y continúan siendo objeto de debate y especulación.
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